Hugo のバージョンを更新したところ、以下のような Gist のページが表示されなくなりました。

<script src="https://gist.github.com/takoikatakotako/5aba51305d74c009a2c878897837e006.js"></script>

以下のように書き換えることで動作しました。

参考: Shortcodes

置換は Atom の正規表現置換機能を使い一括置換を行いました。