PCBEで作った基板をPCBGOGOで注文する方法です。 ファイル -> 基盤見積もり作成 -> 画像のように「データ作成（ドリル=NC）」を選択 -> データ作成　を選択。 作成された zip ファイルを PCBGOGO に送れば大丈夫でした。

参考: PCBEからガーバーファイルを出力する方法

このような中身の zip ファイルが作成されます。